Postdoc OT-11673

Signatures moléculaires des gènes soumis à empreinte génomique parentale dans l’espèce porcine

31326 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein du Laboratoire de Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage (GenPhySE) dans l’équipe de Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement (GenEpi, https://genphyse.toulouse.inra.fr/groups/genepi?page=2) située sur le centre INRAE Toulouse-Occitanie. Vous travaillerez dans le cadre des projets ANR PIPETTE et FEDER SeqOccIN.

Ces projets auront des retombées (i) scientifiques via la réalisation de la première carte de l’imprintome dans l’espèce porcine et (ii) technologiques via l’évaluation de 2 méthodes d’épi-génotypages ciblées aux gènes soumis à empreinte. En plus de donner un nouvel éclairage sur l’évolution des mécanismes d’empreinte parentale, votre recherche permettra une approche générique de ce processus moléculaire original pour l’étude de la variabilité du poids de naissance chez le porcelet.

Dans le cadre de ces projets, des données -omiques (transcriptomiques, génomiques et épigénomiques) ont été produites, via des technologies de séquençage longues lectures (ONT et PacBio) ou du séquençage de régions ciblées (capture puis Illumina), pour des individus issus de croisements réciproques. En analysant ce vaste ensemble de données produites à partir d'un dispositif original, vous caractériserez, pour la première fois à l'échelle du génome, les signatures moléculaires des gènes soumis à empreinte parentale chez le porc.

 

  • Vous serez plus particulièrement amené(e) à :

·       Utiliser les outils bioinformatiques adéquates pour analyser les diverses données de séquençage transcriptomique, génomique et épigénomique issues de différentes technologies de séquençage.

·       Identifier, via des analyses statistiques classiques, les gènes soumis à empreinte génomique parentale dans différents tissus en tirant parti des informations génétiques, d’expression et des croisements réciproques.

·       Caractériser la signature moléculaire des gènes identifiés via la détermination de l’origine parentale des allèles exprimés et/ou méthylés et ainsi comparer la variabilité inter-tissus voire inter-espèces.

·       Engager une démarche de science ouverte avec généricité et mise à disposition des scripts et du code nécessaire aux analyses.

·       Rédiger et publier des articles dans des revues à comité de lecture.

 

  • Vous rejoindrez l’équipe GenEpi dont la thématique centrale est la caractérisation et l’identification des causes moléculaires de la variabilité des caractères complexes et mendeliens chez les animaux domestiques. Pour ce faire, nous produisons des jeux de données multi-omiques (génétiques, génomiques, épigénomiques, transcriptomiques) que nous analysons, avec des jeux de données phénotypiques, en utilisant les modèles adaptés aux questions abordées. Vous serez intégré(e) dans un environnement de travail propice au bon déroulement de vos missions via l’accès aux infrastructures technologiques toulousaines regroupées au sein du GIS GENOTOUL (https://www.genotoul.fr/), bioinformatique (http://bioinfo.genotoul.fr/), génomique (https://get.genotoul.fr/), statistique (https://www.genotoul.fr/portfolio_page/biostatistiques/).

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation recommandée :

  • Doctorat en génomique/génétique, épigénomique

Connaissances souhaitées :

  • Une solide formation en biologie.
  • Bonnes connaissances en bioinformatique, programmation pour l’analyse de données (R ou Python).
  • Maîtrise de l'anglais parlé et écrit

Expérience appréciée :

  • Expérience dans le traitement de jeux de données -omiques issus nouvelles technologies de séquençage.
  • Publications de recherche dans des revues internationales à comité de lecture

Aptitudes recherchées :

  • Capacité à identifier et à résoudre les problèmes de manière créative, à mettre en œuvre des solutions alternatives (prise d’initiatives et créativité)
  • Aptitude à collaborer et interagir avec une équipe multidisciplinaire de scientifiques (esprit d’équipe)
  • Capacité à rédiger des publications en anglais et à présenter les résultats dans des conférences.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Postdoc
  • Durée : 24 mois
  • Début du contrat : Dès que possible
  • Rémunération : 47 615€ - 53 140€ par an, en fonction de l’expérience
  • N° de l'offre : OT-11673
  • Date limite : 07/07/2021