Thèse OT-11566

Réponses transcriptionnelles et épigénétiques des leucocytes sanguins dans l’espèce porcine : vers de nouveaux indicateurs de santé et de bien-être

35590 Saint-Gilles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR PEGASE (Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Elevage), INRAE, L’Institut Agro-Agrocampus Ouest, localisée près de Rennes (35).

Votre sujet de thèse de Doctorat concernera l’évaluation du bien-être animal. Aujourd’hui, les biologistes savent utiliser des indicateurs comportementaux, endocrinien ou immunitaires pour mesurer les réponses transitoires des animaux à des situations négatives brèves (=stress), mais savent beaucoup moins bien évaluer les réponses relevant d’émotions positives ou d’états mentaux installés sur le long terme. Inspiré de résultats obtenus chez l’humain et dans d’autres espèces animales, ce projet de thèse propose de rechercher, dans l’espèce porcine, si des variations du transcriptome et de l’épigénome des cellules immunitaires sanguines peuvent être révélatrices d’états de bien-être ou de mal-être stables, et si ces signatures pourraient être utilisées in fine comme outil d’évaluation du bien-être animal. Le projet étudiera pour cela l’impact de milieux de vie différemment enrichis ou non sur le bien-être des truies et sur leurs cellules immunitaires sanguines.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

  1. Analyser des données de méthylome et de transcriptome de cellules immunitaires sanguines issues de truies élevées dans des environnements contrastés (l’un conventionnel, l’autre sur litière de paille). Vous mettrez en œuvre les méthodes de bioinformatique et de biostatistique nécessaires dans l’objectif d’identifier des gènes et fonctions biologiques différentiellement régulés, ou des différentiels de méthylation dans l’ADN génomique des truies élevées dans les deux environnements.
  2. Mettre en place et suivre une expérimentation où le milieu de vie des truies sera enrichi par d’autres moyens que dans la première étude (autres stimulations sensorielles ou cognitives). Vous produirez et analyserez des données de biochimie et de biologie moléculaire choisies en fonction des résultats de la première étude, avec entre autres étude de la méthylation de l’ADN par une approche séquence spécifique et de l’expression de gènes spécifiques par PCR quantitative.
  3. Intégrer les résultats des deux expérimentations, et identifier des marqueurs moléculaires potentiels de bien-être animal. Vous rédigerez votre manuscrit de thèse et valoriserez vos travaux par des articles scientifiques, présentations en conférences et participerez à la dissémination des résultats vers les acteurs professionnels et la société.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)
  • Formation recommandée : Niveau M2 : master spécialisé en biologie moléculaire et cellulaire ou ingénieur agri/agro, validé d’ici fin 2021
  • Connaissances souhaitées : physiologie animale, biologie moléculaire et cellulaire, bio-informatique, anglais; des notions d’éthologie seraient appréciées.
  • Aptitudes recherchées : intérêt pour l’expérimentation animale (suivi d’essai) et apprécier le travail à la paillasse (techniques de biologie moléculaire) et in silico (analyse fonctionnelle des réseaux de gènes et des données de méthylation de l’ADN, analyses statistiques avec le logiciel R), sens de l’organisation, esprit critique, aptitude au travail en équipe, aptitude à communiquer à l’oral et à l’écrit.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

 Pour plus d’informations sur cette offre, contacter Elodie Merlot (elodie.merlot@inrae.fr) ou Hélène Jammes (helene.jammes@inrae.fr)

Le projet détaillé est disponible sur le site Thèses en Bretagne Loire, Ecole doctorale EGAAL :

https://theses.doctorat-bretagneloire.fr/egaal/copy_of_theses-2020 > PEGASE

Les candidatures doivent être adressées uniquement via ce site

Date limite pour postuler : 15 juillet 2021

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/11/2021
  • Rémunération : 1874 € brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-11566
  • Date limite : 15/07/2021

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