Thèse OT-10378

Utilisation des habitats estuariens par une espèce ré-introduite l’esturgeon européen

33612 Gazinet Cestas

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Les enjeux dans le cadre de ce travail consistent à évaluer comment les individus ré-introduits s’approprient les habitats estuariens soumis à des fluctuations importantes (sélection d’habitats préférentiels, connectivité) et quels jeux d’interactions se mettent en place à la fois au niveau intra-spécifique (interactions sociales) mais également avec les autres espèces (partage de niche écologique, compétition, prédation). En effet la dynamique en place peut être bouleversée par le retour d’une espèce qui avait disparue du milieu mais celle-ci peut également redynamiser les processus écologiques ; ces conséquences des pratiques de restauration étant rarement étudiées de manière empirique. L’analyse fine de l’utilisation des habitats sera réalisée dans l’estuaire de la Gironde, berceau de la dernière population sauvage d’esturgeon européen observée, où des opérations de ré-introduction de l’espèce se sont déroulées de 2007 à 2015. Les connaissances acquises dans ce travail sur les caractéristiques des habitats essentiels à la croissance de l’espèce permettront d’envisager pour le futur des estimations de la capacité d’accueil du milieu, d’optimiser les pratiques de restauration localement et d’envisager les possibilités de recolonisation d’autres bassins versants.

 

Dans ce contexte, les objectifs spécifiques de ce travail de thèse sont les suivants :

(1) analyser l’utilisation de l’habitat au sens large des esturgeons européens dans l’estuaire de la Gironde ;

Vous localiserez  notamment les zones de concentrations d’individus et leurs trajectoires en couplant ces observations aux données d’habitat à différentes échelles temporelles (annuelles, saisonnières) et ontogénique (classes d’âge, les juvéniles fréquentant l’estuaire ayant majoritairement entre 2 et 5 ans). Il s’agira ainsi de caractériser les habitats estuariens favorables à l’esturgeon européen, l’importance de la connectivité entre ces habitats et les interactions sociales potentielles. L’utilisation des habitats d’un échantillon d’individus ayant un temps de séjour très différents en captivité (quelques semaines versus 1 an ou plus) seront comparées afin d’identifier si le temps passé en captivité a un effet sur les processus de sélection des habitats.

(2) identifier les interactions possibles entre la fraction estuarienne de la population d’esturgeon européen et les espèces présentes dans l’estuaire comme le partage ou non de niches écologiques. Grace à ce cas d’étude, il s’agit ici de réfléchir également à plus large échelle aux interactions possibles entre espèces ré-introduites et espèces en place dans un milieu ;

Concernant ces points 1 et 2, vous bénéficierez de la base de données Sturat 2009-2019, acquise notamment dans le cadre du Programme National d’Actions en faveur de la restauration de l’esturgeon européen. Les campagnes Sturat correspondent à des échantillonnages réguliers au chalut de fond dans les secteurs subtidaux de l’estuaire de la Gironde. Les traits sont géo-localisés, les espèces capturées sont dénombrées et des mesures biométriques sont réalisées, les paramètres physico-chimiques (salinité, température, taux d’oxygène, turbidité) du milieu sont également enregistrés. Une attention particulière est portée au suivi de la population d’esturgeon européen avec la réalisation de marquages individuels et de prélèvements pour analyses a posteriori (génétique, bol alimentaire ….). Dans ce cadre, vous participerez régulièrement (3 à 6 embarquements d’une semaine par an) aux campagnes Sturat toujours en cours afin de bien s’approprier la méthodologie, de se rendre compte des avantages et limites de l’échantillonnage pour l’interprétation du jeu de données déjà acquis dont vous disposerez.

Une analyse critique préalable de la disponibilité spatiale et temporelle des variables environnementales pertinentes pour décrire les habitats des poissons sera menée.

Pour aller plus loin vous aurez le choix entre deux options : a) si les données d’échantillonnage historiques le permettent (période 1990-2000), les preferenda des individus sauvages (cohortes 1994, 1988) seront comparés à ceux actuels des individus ré-introduits. Ou b) il pourra mettre en place une expérimentation basée sur l’acquisition d’image à l’aide d’un drone afin d’identifier si les esturgeons européens utilisent le secteur intertidal, actuellement non échantillonné, mais source de nutriments pour de nombreuses espèces. L’utilisation du secteur intertidal a été documentée pour une espèce proche A. oxyrinchus dans la baie de Fundy au Canada mais il n’a jamais été mis en évidence pour A. sturio.

(3) d’extrapoler les connaissances acquises sur l’utilisation de l’habitat par A. sturio en Gironde à d’autres estuaires français (La Seine) et européens (L’Elbe, Allemagne) pour lesquels nous disposons de données d’habitats. D’un point de vue théorique, il s’agit d’avoir une réflexion sur les potentialités futures de recolonisation de l’espèce via l’analyse de l’utilisation des habitats estuariens de croissance.

Cette thèse s’inscrit dans le cadre d’un projet plus large (REVE REconstruction tactiques Vie Esturgeon européen) impliquant plusieurs chercheurs et laboratoires de recherche. vous bénéficierez ainsi des interactions scientifiques prévues dans ce projet.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Le candidat sera titulaire d’un Master 2 avec des connaissances en écologie des populations, en écologie aquatique, en écologie comportementale ou encore en géomatique. Il aura une expérience dans l’étude de l’utilisation de l’habitat par les espèces terrestres ou aquatiques.

Seront très appréciées des compétences en SIG (QGIS, ArcGis) et en manipulation de bases de données (language SQL).

Vous présenterez les capacités et la motivation pour participer à des campagnes de terrain embarquées (1 semaine, 3 à 6 fois par an).

Une bonne maîtrise de l’anglais sera appréciée.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Pour candidater vous fournirez un CV détaillé, son relevé de notes de master 2 et une lettre de motivation, dans laquelle il/ elle détaillera ses compétences en regard des objectifs détaillés ci-dessus. Il/ elle exposera également sur une page maximum comment vous souhaiterez aborder les 3 objectifs spécifiques.

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 3 ans
  • Début du contrat : 01/01/2021
  • Rémunération : 1 874 € brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-10378
  • Date limite : 01/11/2020
Le centre Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

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