Ingénieur-e développeur-euse d'environnements d'analyses

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez au sein de l'unité de recherche en Génomique-Info (URGI) du site INRAE de Versailles. Cette unité de recherche en bioinformatique d'une vingtaine de personnes développe des outils et des connaissances en lien avec deux grands thèmes, « Fédérations de données» et «Evolution des génomes en lien avec les éléments transposables et les virus endogènes ».
L'unité héberge la plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) d'envergure internationale à laquelle vous appartiendrez. Cette plateforme (i) centralise, intègre et analyse les données génomiques et génétiques des plantes d'intérêt agronomique via l'exploitation du système d'information GnpIS, (ii) assure le développement et l'exploitation de portails de données internationaux (WheatIS, FAIDARE) et nationaux (RARe), ainsi que (iii) l'annotation standardisée et haut débit des éléments répétés dans les génomes. Elle est intégrée dans l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics, et dans l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Via l'IFB, elle appartient à l'nfrastructure européenne ELIXIR.
Le personnel permanent de l'URGI comprend 3 directeurs de recherche, 3 ingénieurs de recherche, 4 ingénieurs d'études et 2 assistants ingénieurs qui contribuent pour une partie de leur temps aux activités de la plateforme. Les membres de l'unité sont majoritairement informaticiens et bioinformaticiens.
Les activités que vous développerez dans le cadre de la plateforme contribueront à maintenir et développer une infrastructure robuste proposant des services de qualité à ses utilisateurs. En particulier, depuis quelques années, la plateforme fait évoluer ses environnements d'annotation des éléments transposables et des virus endogènes des génomes pour les rendre plus facile à maintenir et plus ouverts au co-développement (simplification et portage dans des frameworks type Snakemake), plus portables (virtualisation, containérisation) et toujours plus efficients (calculs de plus en plus intensifs en lien avec l'analyse des pangenome, génome maintenant bien assemblés dans des régions très répétées). Votre profil DevOps vous permettra de développer et administrer vos pipelines d'analyse.
Vous collaborerez avec l'autre personne ayant des compétences DevOps de l'unité en lien avec le développement et la mise en production du système d'information GnpIS et des portails de données dans le cadre du groupe de travail infrastructure de la plateforme. Vous vous intégrerez dans les réseaux scientifiques et techniques des infrastructures informatiques (BioinfOmics, IFB, datacenters, ELIXIR). Vous contribuerez à procurer aux usagers de la plateforme des services performants d'annotation de génome et au développement de nouveaux services basés sur les outils et approches d'intégration de connaissances sur les plantes.
Enfin vous vous intègrerez dans les groupes d'animation métier de l'institut (CATI, PEPI) qui vous permettront de contribuer aux actions collectives de montée en capacité en termes d'environnement d'analyses reproductibles.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire idéalement d'un master en informatique ou bio-informatique. Vous aurez une forte compétence en développement informatique de pipelines de traitement de données, en pratiques d'analyses reproductibles avec une orientation DevOps permettant de d'intervenir sur l'infrastructure. Des connaissances en biologie vous permettant de comprendre les questions scientifiques abordées seraient un plus. Vous ferez une veille scientifique et technique régulière. Vous devrez montrer de la rigueur dans vos mises au point méthodologiques et de bonnes qualités relationnelles pour le travail qui se fera en forte interaction avec tous les membres de l'unité. La maitrise de l'anglais est souhaitée.