MOBILITÉ CAMOB21-IE-BAP-3

Ingénieur-e développeur-se

78000 VERSAILLES

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez au sein de l'Unité de Recherche en Génomique-Info (URGI) du site INRAE de Versailles. Cette unité de recherche en bioinformatique d'une vingtaine de personnes développe des outils et des connaissances en lien avec deux grands thèmes, « Intégration et fédérations de données» et «évolution des génomes en relation avec les éléments transposables et les virus endogènes ».
L'unité héberge également la plateforme « bioinformatique des plantes » (PlantBioinfoPF) d'envergure internationale à laquelle vous appartiendrez. Cette plateforme (i) centralise, intègre et analyse les données génomiques et génétiques des plantes d'intérêt agronomique et de leurs bioagresseurs, (ii) assure le développement et l'exploitation d'un système d'information, GnpIS, ainsi que (iii) le développement et la mise à disposition d'environnement informatiques de travail avec des pipelines d'analyse à haut débit (Virtual Research Environment). Elle est intégrée aux côtés de deux autres plateformes dans l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics, et dans l'« Institut Français de Bioinformatique » (IFB ; une 20aine de plateformes de divers instituts). Via l'IFB, elle appartient à l'infrastructure européenne ELIXIR. Enfin, elle contribue de façon majeure à la visibilité de la fédération de système d'information de la Wheat Initiative.
Le personnel permanent de l'URGI comprend 2 directeurs de recherche, 1 chargé de recherche, 3 ingénieurs de recherche, 7 ingénieurs d'étude et 2 assistants ingénieur qui contribuent pour une partie de leur temps aux activités de la plateforme. Les membres de l'unité sont majoritairement informaticiens et bioinformaticiens.
Les activités que vous développerez dans le cadre de la plateforme contribueront à maintenir et développer une infrastructure robuste proposant des services de qualité à ses utilisateurs. En particulier, depuis quelques années, l'URGI fait évoluer son environnement d'analyse et de calcul vers une infrastructure de type « cloud » qui est maintenant complètement opérationnelle. Vous serez impliqué-e dans le développement et la mise en oeuvre dans le cloud de pipelines d'analyse et de workflow d'annotation de génomes à haut débit, indispensables dans le cadre d'approche pan-génomiques ou évolutives qui nécessitent l'annotation d'un grand nombre de génomes. Vous mettrez aussi en oeuvre des approches graphes pour intégrer des données de génomique fonctionnelle, de génétique et d'annotation des éléments transposables et participer au développement des connaissances sur l'impact de ces derniers sur l'adaptation des plantes à leur environnement. Votre profil DevOps vous permettra de développer et administrer dans le cloud vos pipelines d'analyse.
Vous contribuerez ainsi à procurer aux usagers de la plateforme des environnements d'analyse dans le cloud, à maintenir les outils nécessaires aux services d'annotation de génome haut débit de la plateforme et au développement de nouveaux services basés sur les outils et approches d'intégration de données. Vous travaillerez pour cela en collaboration étroite avec l'ingénieur système de l'unité ainsi qu'avec d'autres entités INRAE en charge des services d'infrastructures informatiques (IFB, Datacenters,..).
Vous serez également impliqué-e dans les activités de l'infrastructure de recherche INRAE BioinfOmics et du CATI GREP qui vous permettront en particulier d'améliorer des outils et ressources collectives en lien avec les analyses génomiques et de les mettre à disposition de la communauté de recherche nationale et internationale. Vous bénéficierez des nombreuses animations métiers d'INRAE et de l'IFB dans votre domaine d'activité et vous serez encouragé-e à y contribuer.

Vous serez rattaché·e au CATI GREP, et pourrez bénéficier d'une prime informatique de niveau Analyste si vous êtes déjà reconnu·e et en exercice sur cette fonction d'Analyste.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire d'un master en informatique ou bio-informatique. Vous avez une forte compétence en développement informatique de pipelines de traitement de données, en pratiques d'analyses reproductibles avec une orientation DevOps permettant de co-développer avec l'ingénieur système l'infrastructure logicielle dans le cloud que vous utiliserez. Des connaissances en biologie vous permettant de comprendre les questions scientifiques abordées seraient un plus. Une bonne connaissance des environnements GNU/Linux est nécessaire. Vous devrez montrer de la rigueur dans vos mises au point méthodologiques (intégration et déploiement continus, supervision...) et de bonnes qualités relationnelles pour le travail qui se fera en forte interaction avec tous les membres de l'équipe et de l'unité. Une curiosité pour la veille scientifique et technique sera pour vous un atout majeur. La maitrise de l'anglais est souhaitée.

Modalités pour postuler

  1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 1.82 MB
  2. Je note le numéro du profil CAMOB21-IE-BAP-3
  3. Je m'inscris GO

Référence de l'offre

  • N° profil : CAMOB21-IE-BAP-3
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2C45
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : CAMOB21-IE-BAP-3

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