MOBILITÉ CAMOB20-IE-SPE-3

Ingénieur-e d'études Développeur-se en bioinformatique - Plateforme

49070 BEAUCOUZE

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous prendrez en charge la gestion informatique des données de la plateforme PHENOTIC de l'Institut de Recherche en Horticulture et Semences d'Angers (IRHS), localisée à Beaucouzé (49).
L'IRHS est une unité mixte de recherche INRAE/Agrocampus-Ouest/Université d'Angers, comptant 250 agents. Au sein de cette unité de multiples approches de biologie sont combinées pour l'étude de la qualité et la santé des plantes, dans un contexte de développement de l'agroécologie.
La plateforme PHENOTIC met en oeuvre des systèmes automatisés d'acquisition et de traitement de l'information pour le phénotypage des plantes horticoles en milieu contrôlé. Sur la plateforme, l'activité de phénotypage consiste à suivre la croissance et la santé de plantes à différents stades de développement, depuis la semence jusqu'à la plante adulte. La plateforme est intégrée dans les dispositifs de recherche au niveau national (label IBiSA, membre de l'infrastructure nationale de phénotypage EMPHASIS). Au sein de l'unité de recherche, dans une perspective de déploiement de méthodologies innovantes, la plateforme est adossée à l'équipe de recherche transdisciplinaire ImHorPhen, qui regroupe des spécialistes de traitement d'images, d'analyses de données et de biologie végétale.
La mise en oeuvre d'une activité de phénotypage de plantes à haut-débit nécessite des développements informatiques d'outils dédiés permettant la gestion et l'analyse de données acquises par les systèmes automatisés (images et métadonnées). Sous l'autorité de l'équipe de direction de la plateforme, vous aurez 2 missions principales :

1) Vous déploierez un système d'information pour la gestion des données de phénotypage. Dans ce cadre, vous assurerez la gestion des comptes utilisateurs, vous organiserez l'accès aux données sur les serveurs de la plateforme. Enfin, vous faciliterez les analyses de données, la visualisation et l'export des résultats via la mise à disposition d'algorithmes sur le portail web.
2) Vous développerez des interfaces utilisateur pour faciliter l'analyse des données de phénotypage. De cette manière, vous participerez à la formation continue des utilisateurs et à la valorisation scientifique de leurs travaux. Le carénage de ces interfaces permettra de centraliser, homogénéiser et pérenniser l'ensemble de ces algorithmes développés dans le cadre de travaux de thèse, de stage ou de projets, et dans différents langages de programmation.

Sur le long terme, en considérant le maintien, les mises à jour et les jouvences de l'ensemble du système de gestion avec l'interfaçage du portail web, ce poste offre également de réelles possibilités d'évolution dans les fonctions et les missions à assurer.

Vous serez rattaché·e au CATI CODEX. Le poste ouvre droit au bénéfice de la modulation d'IFSE liée à l'expertise informatique (Prime de Fonction Informatique) de niveau Analyste si vous êtes déjà reconnu·e et en exercice sur fonction Analyste.

Vous aurez une part de responsabilité importante dans la traçabilité et la conservation des données, qui représentent des enjeux cruciaux pour l'activité de la plateforme.
Vous devrez développer des outils interopérables avec les systèmes d'information génériques développés au sein de l'IRHS et EMPHASIS.
Le poste ouvre à une prime informatique de niveau "Analyste".

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Spécialité informatique.

Compétences en : Ingénierie système et développement, Maîtrise des systèmes d'exploitation classiques, Technologie web + connaissances en web sémantique, Java/PHP/Python/Javascript.

Aptitudes: Travailler en équipe inter-disciplinaire (biologie, informatique, imagerie, production de plantes).

Organiser et/ou participer à des manifestations relatives à la valorisation ou au transfert de connaissances, Intérêt pour la biologie végétale.

Modalités pour postuler

  1. Je télécharge le guide Guide et annexe technique pdf - 1.82 MB
  2. Je note le numéro du profil CAMOB20-IE-SPE-3
  3. Je m'inscris GO

Référence de l'offre

  • N° profil : CAMOB20-IE-SPE-3
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2A42
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : CAMOB20-IE-SPE-3

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