HANDICAP IE22-SA-1

Ingénieur-e biologiste transcriptomique - NGS

31000 TOULOUSE

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez au sein du site TRiX de la plateforme Génome et Transcriptome (GeT, http://get.genotoul.fr, Génopôle Toulouse Midi-Pyrénées) qui met à disposition des laboratoires publics ou privés une expertise en matière d'analyse de l'expression des gènes (étude du transcriptome) à l'aide de technologies sans a priori à haut-débit (microarrays, séquençage) et de PCR quantitative en temps réel.

Vous serez affecté dans les locaux du laboratoire ToxAlim (150 agents dont une centaine de permanents,) qui héberge l'équipe TRiX composée d'un ingénieur analyste de données et d'une technicienne biologiste. Les domaines d'expertises apportés par le plateau sont ceux de la biologie moléculaire et de la biostatistique.

L'équipe dispose des compétences pour l'évaluation de la qualité des échantillons d'ARN, pour l'acquisition des signatures transcriptomiques sur microarrays Agilent ainsi que pour l'analyse biostatistique des données. Par ailleurs le plateau a mis en place l'automatisation sur robot de distribution du processus de production des données permettant d'analyser en parallèle jusqu'à 96 transcriptomes. Les technologies du domaine évoluant rapidement, vous participerez à la mise en place de nouvelles méthodes d'analyse et à l'amélioration des protocoles existants.

La plateforme GeT-TRiX s’est engagée dans le développement d’une expertise pour l’étude des ARNs non codants (micro ARNs, ARNs longs non-codants, ...) par séquençage nouvelle génération (NGS). A plus long terme elle souhaite proposer des analyses omiques complémentaires par NGS pour étudier les mécanismes de régulation transcriptionnelles et épigénétiques.

Vous contribuerez ainsi à proposer aux communautés scientifiques des services d'analyses « clés en main » depuis la préparation des échantillons, la production des données omiques et jusqu'à la restitution de résultats d'analyses bioinformatiques/biostatistiques.

Votre mission principale sera d'animer les activités d'analyses NGS et de mener à bien les mises au point de protocoles de préparation de libraires de séquençage d'ARN (RNA-seq).

Vous travaillerez en étroite collaboration avec la technicienne biologiste et avec l'ingénieur analyste de données et vous interagirez également avec les personnels de la plateforme GeT.

Vous prendrez en charge la mise en place opérationnelle des protocoles dans l'objectif de fournir un service « clé en main » aux biologistes demandeurs d'analyses transcriptomiques. Cela impliquera de travailler en lien avec les biologistes pour recueillir leurs besoins et proposer une solution d'analyse adaptée.

Vos missions:

Accueillir les utilisateurs, les conseiller et les accompagner dans leurs demandes d'analyse

Evaluer/tester et mettre en place des protocoles RNA-seq sur technologie Illumina

Réaliser la veille méthodologique pour identifier les protocoles d'intérêt

Communiquer et échanger avec les interlocuteurs externes et internes

Concevoir, réaliser les tests et valider les méthodes sélectionnées (préparation et contrôle qualité des librairies)

Rendre compte et présenter les résultats lors de réunions ou séminaires internes ou externes

Former/assurer le transfert de compétences

Participer à la démarche qualité du plateau

Vous contribuerez également aux activités générales du plateau :

-              Organiser et animer les activités NGS de l'équipe

-              Gérer les échantillons et les stocks de réactifs et consommables

-              Participer aux activités collectives de l'équipe ainsi que celles menées dans le cadre de la plateforme GeT

 

Des déplacements occasionnels (véhicule de service) sur les différents sites GeT (agglomération toulousaine) seront prévus.

Vous serez amené-e à être présent-e sur site obligatoirement lors des jours prescrits de manipulations sur l’activité de laboratoire en fonction des demandes de protocoles.

Vous serez susceptible d’être présent-e en dehors des horaires habituels de travail en fonction des protocoles.

 

Formations et compétences recherchées

II Licence, Maîtrise, Master 1

Formation recommandée en Biologie Moléculaire, Biotechnologies

Expérience souhaitée de niveau Ingénieur en génomique/transcriptomique par séquençage haut-débit (NGS).

Réalisation de librairies NGS.

Compétences attendues:

-              Maitriser les principes de biologie moléculaire, notamment manipulation d'échantillons d'ARN

-              Connaitre la technologie de séquençage illumina

-              Connaître les risques et appliquer les règles d'hygiène et de sécurité relatives au domaine d'activité

-              Travailler en équipe

-              Maitriser l'outil informatique, bioanalyses

-              Savoir mettre en forme et communiquer les résultats

-              Rendre compte de son activité

-              Compréhension écrite et orale de l'anglais

-              Réaliser une veille scientifique et technologique

-               Permis B

 

Aptitudes:

-              Rigueur, capacités d'organisation

-              Autonomie, curiosité et esprit critique

-              Capacités relationnelles pour liens avec les interlocuteurs internes et externes

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler 

Cette campagne de recrutement s'adresse aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur-se handicapé-e. 

Si un profil vous intéresse, veuillez transmettre par voie postale :

- un CV, 
- une lettre de motivation, 
- une copie des diplômes (notamment les plus élevés), 
- une copie de la reconnaissance de la qualité de travailleur-se handicapé-e. 

aux Services des Ressources Humaines du Centre INRAE concerné (voir bloc "Le centre" précisé dans l'annonce). Vous trouverez les coordonnées postales de chaque centre INRAE dans ce document à télécharger

Pour obtenir de plus amples informations sur ce poste, nous vous invitons à vous rapprocher des contacts figurant sur l'annonce.

 

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Référence de l'offre

  • N° profil : IE22-SA-1
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : A2A42
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : sans objet

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