CONCOURS IE21-PHASE-1

Ingénieur-e en developpement logiciel,traitement de données

31320 CASTANET TOLOSAN

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) dans l'équipe Nutrition et Ecosystème Digestif (NED) de l'unité Génétique, Physiologie et Système d'Elevage (GenPhySE) d'INRAE Occitanie-Toulouse (160 titulaires et 80 non titulaires). L'objectif général de l'équipe NED est d'optimiser l'action du microbiote digestif sur son hôte de manière à améliorer le phénotype des animaux d'élevage (bien être animal, résistance aux antibiotiques, environnement). Ces travaux impliquent la génération d'un grand nombre de données issues du séquençage à haut débit dont les technologies évoluent vite et pour lesquels il est nécessaire de développer des outils de traitements adaptés et innovants. Vos principaux interlocuteurs seront l'IR bioinformaticienne de l'équipe NED qui coordonne par ailleurs des collectifs nationaux dédiés aux outils d'analyse des données biologiques, les biologistes de l'unité GenPhySE s'intéressant aux questions de métagénomiques et les bioinformaticien(ne)s des plateformes partenaires de l'équipe.
Vous serez impliqué(e) dans trois grand thèmes de développement de solutions informatiques (i) l'analyse métabarcoding, (ii) l'inférence fonctionnelle et (iii) l'analyse métagénomique.
Vous aurez comme activités la mise à jour et la charge de nouveaux développements des projets bioinformatiques en cours et à venir. Vous prendrez en charge une partie de l'assistance logicielle, la création de tutoriels web, le développement de méthodes d'analyses des métagénomes à partir de données issues de séquenceurs de nouvelle génération générant notamment des lectures de grandes longueurs. Vous développerez de nouvelles méthodes et outils pour la recherche de marqueurs/biomarqueurs liés à l'étude de différents environnements par la métagénomique. Vous aurez en charge la pérennisation et le partage des applications/logiciels développés et vous traiterez et analyserez des données de métagénomique.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'Analyste.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1

Etudes de bioinformatique avec développements d'applications ou études d'informatiques avec une expérience en biologie. Expérience en programmation d'applications (Python, Perl), maitrise de l'utilisation d'un cluster de calcul, aptitude à programmer des applications informatiques et des pipelines (Nexflow, Snakemake), développement web et base de données. Expérience en analyse de données « omiques », préférentiellement en métabarcoding ou métagénomique. Maitrise de l'anglais. Esprit d'initiative et d'équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

  1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2021 pdf - 5.18 MB
  2. Je note le numéro du profil IE21-PHASE-1
  3. Je m'inscris GO

Référence de l'offre

  • N° profil : IE21-PHASE-1
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2C45
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : IE-EFGJ-21

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