CONCOURS IE22-BAP-2

Ingénieur-e en méthodes de sélection chez les Pomoïdées

49070 BEAUCOUZE

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) a une longue expérience en création variétale sur les variétés fruitières avec pour objectifs la résistance durable aux parasites, la qualité des fruits et la régularité de production. Ce programme est développé par les équipes VadiPom et ResPom de l'IRHS, en partenariat avec les sociétés CEP Innovation (poirier) et Novadi (pommier) dans le cadre du projet INRA-IVD InnovaFruit. Les succès de la poire Angelys, et des pommes Ariane et Inored Story® montrent l'efficacité de cette collaboration. Les travaux de recherche d'amont de ces équipes visent à mieux comprendre les mécanismes de résistance durable aux parasites et pour améliorer l'efficacité des méthodes de sélection chez les espèces fruitières, longues et coûteuses. Elles ont une place centrale au niveau international et ont été leaders dans de nombreux projets Européens, par exemple FruitBreedomics (2011-2015) et EU-H2020 INVITE coordonné par F. Laurens. Les collaborations se poursuivent également en Europe (WUR, Agroscope, FEM-RC Laimburg...), en Nouvelle Zélande (P&FR) et avec des équipes américaines. L'IRHS a publié une nouvelle version de grande qualité du génome du pommier dans Nature Genetics (2018) qui sera exploitée pour préciser les connaissances actuelles et améliorer les outils de sélection. Par ailleurs, des travaux menés par l'équipe ResPom sur la résistance/tolérance du poirier à différents bioagresseurs mais également ceux de l'équipe AFEF de l'unité mixte de recherche (UMR) AGAP à Montpellier sur l'adaptation au changement climatique doivent trouver ici une valorisation en terme de création de géniteurs.
Votre objectif sera de mettre à profit les avancées récentes et à venir sur la génétique et les génomes du pommier et du poirier pour améliorer l'efficacité des programmes de sélection, en particulier dans le domaine de la résistance durable chez les espèces fruitières à pépins et l'adaptation au changement climatique. Vous vous situerez à l'interface entre les équipes ResPom et VadiPom. Vous travaillerez également en interaction avec les équipes BideFi et Valema de l'IRHS et avec l'équipe AFEF à Montpellier. Vos principales missions seront de :
- construire et faire évoluer un outil de génotypage SNP rassemblant l'ensemble des marqueurs aux gènes/QTL d'intérêt pour la SAM en se basant sur l'ensemble des informations génétiques disponibles sur les caractères de qualité et d'aspect du fruit (texture, jutosité, saveur, brunissement...) et de résistance durable à la tavelure de manière à identifier les haplotypes favorables de marqueurs SNP pour ces caractères (encadrement H. Muranty);
- poursuivre les travaux engagés en SAM pour construire des géniteurs combinant résistance durable à la tavelure, résistance aux autres principales maladies du pommier et du poirier et, plus spécifiquement pour le pommier, des critères de qualité sur la base du matériel végétal existant en y intégrant des traits d'adaptation au climat (encadrement F. Laurens, CE Durel);
- consolider et optimiser l'ensemble du processus de SAM du choix des parents à l'identification finale des hybrides d'intérêt selon un index multi-QTL/multi-caractère via l'extraction d'ADN et le génotypage;
- contribuer à la mise en application pratique de la sélection génomique sur le programme de sélection avec Novadi (encadrement H. Muranty) en exploitant les résultats et bénéficiant des avancées des projets FruitBreedomics, INVITE, et GDivSelGen;
- tester la possibilité d'exploiter les génotypes de pommiers issus des recherches de l'équipe Valema, et dont les épigénomes auront été altérés de façon à les rendre plus tolérants à certains stress biotiques et abiotiques, et les intégrer en tant que géniteurs potentiels au sein des programmes de sélection. A l'occasion, utiliser les protocoles développés par l'équipe Valema afin d'acclimater les nouveaux hybrides élites à leurs futures conditions de production.

Permis de conduire B vivement recommandé
Déplacements fréquents en France et à l'étranger.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1

Formation d'ingénieur-e ou universitaire en génétique et amélioration des plantes avec expérience pratique en sélection assistée par marqueur, biologie moléculaire et bases en génétique quantitative appréciée
Compétences recherchées :
- Maîtrise des connaissances en génétique et amélioration des plantes
- Anglais courant exigé
- Bases en bioinformatiqu
- Expérience en gestion d'équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : IE22-BAP-2
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : A2C46
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : IEA06

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