CONCOURS IE22-BAP-1

Ingénieur-e en bioinformatique et épigénétique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La recherche translationnelle est un axe prioritaire à INRAE. Cette activité se fait dans le cadre de la plate-forme nationale EPITRANS, labialisé ISC, CNOC et IBISA. EPITRANS gère 13 collections de 260 000 mutants ainsi que les criblages associés. Afin de renforcer ce champ de travail et le rendre transversal il est nécessaire (i) de maintenir les outils de bio-analyse développés par la plate-forme, tel que le logiciel SENTINEL, un programme qui permet non seulement de gérer les collections de mutants mais aussi les mutations identifiées ; (ii) de développer de nouveaux outils de bioanalyse adaptés à la recherche translationnelle et (iii) analyser les données NGS produites par la plate-forme.
Pour développer et stabiliser la mission de la plateforme on souhaite donc déployer et bénéficier, dans ce contexte, d'un-e ingénieur-e d'études « Ingénieur-e en développement et déploiement d'applications ».
Vous aurez comme mission la maintenance du logiciel SENTINEL, la mise en place de LIMS pour la gestion des collections de mutants, les criblages et le traitement bioinformatique des données NGS et la mise en place des bases de données et le portail internet qui gérera l'interaction avec la communauté scientifique. Vous devrez également développer des logiciels et des analyses statistiques de détection de SNP rares (<1%) ainsi que des outils de modélisation et de prédiction de l'impact des mutations induites sur la fonction des gènes cibles. Vous devrez avoir des connaissances générales du vivant ainsi que des compétences en informatique et en statistique.
Rattachement hiérarchique et fonctionnel du poste :
A.Bendahmane, coordinateur scientifique de la plate-forme EPITRANS et de l'équipe FloCAD.
Composition de l'équipe :
Permanents :
1 DR1 (INRAE) ; 1 CR (CNRS) ; 1 DR2 (INRAE) ; 5 IE (INRAE) ; 1 AI (INRAE)
Non Permanents :
5 Post-Doc ; 6 PhD ; 1 ATER (UEVE) ; 8 IE ; 1 AI, 4 stagiaires
Encadrement :
2 à 3 personnes
Interlocuteurs internes et externes : Les collaborateurs publique et privés dans le cadre des projets de recherche type, investissement d'avenir (eg. projet Peamust) ANR, CASDAR, et Européen (eg.EPISEX, Nectar, ERC SEXYPARTH, projet TOMRES..etc), les contrats privées (eg. projet SAMUTAGENE) ainsi que les utilisateurs dans le cadre des labellisations ISC et IBISA.
Mission n°1 (développer des outils bioinformatiques performants de détection de mutations basés sur les technologies type NGS):
-développer des outils d'analyses statistiques de détection de SNP rares ainsi que des outils de modélisation et de prédiction de l'impact des mutations induites sur la fonction des gènes cibles,
-la mise en place de LIMS pour la gestion des collections de mutants, les criblages et le traitement bioinformatique des données NGS.
Mission n°2 : concevoir, développer et conduire en spécialiste les approches mises en place, dans le cadre des projets de recherche des utilisateurs du service et des partenaires scientifiques.
Mission n°3 (veille méthodologique):
-Assurer la veille technologique du domaine d'étude

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'Analyste.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1

Expertise en bioinformatique, mathématiques et statistiques.
Bonne base en génomique.
Maîtriser la programmation, utilisation du Système Unix.
Mise en place de logiciels et des bases de données.
Maitrise du langage du web.
Contrôler la qualité des données.
Assurer la traçabilité des données.
Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes ou externes.
Rédiger des procédures techniques.
Transmettre des savoirfaire techniques.
Maîtriser les conditions de conservation des échantillons biologiques.
Utiliser des logiciels de gestion des plannings, des stocks et commandes.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : IE22-BAP-1
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2E47
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : IEE04

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