CONCOURS IE21-MICA-1

Ingénieur-e en plateau de design en biologie de synthèse

78350 JOUY EN JOSAS

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez affécté-e à l'Institut MICALIS (unité mixte de recherche INRAE, AgroParisTech et Université Paris-Saclay) qui regroupe environ 350 personnes et est structurée en 21 équipes de recherche. Vous exercerez vos fonctions au sein du pôle « Microbiologie des systèmes et de synthèse » de MICALIS dans l'équipe Bio-RetroSynth dirigée par Jean-Loup Faulon (https://www.micalis.fr/Poles-et-Equipes/Pole-Microbiologie-des-Systemes-et-de-Synthese/Bio-RetroSynthese-Jean-Loup-Faulon). Au sein de cet institut, vous aurez la charge de créer un plateau technique d'outils de design pour la biologie de synthèse et les biotechnologies.
Les outils du plateau technique seront principalement basés sur des algorithmes développés par l'équipe d'accueil. Ces outils permettent le design de circuits synthétiques pour la bioproduction de molécules et l'ingénierie de biocapteurs dans des microorganismes. Les outils seront déployés sous la forme de workflows allant du choix de la molécule à synthétiser ou à détecter et du microorganisme hôte jusqu'aux plans d'expériences pour la synthèse et l'assemblage du ou des circuits.
Dans un premier temps, les logiciels que vous allez déployer seront testés et validés par des partenaires de plusieurs projets en cours et financés. Parmi ces partenaires figurent des équipes de MICALIS (équipes BioRetroSynth, SyBER et BimLip), le Genoscope (Évry, laboratoire SSB), TWB (Toulouse, plateforme d'ingénierie de souches à haut débit), le CBS (Montpellier, équipe Synthetic Biology), l'université de Manchester (Centre SynBioChem), le VTT (équipe M. Penttila), et l'université de Wageningen (équipe V.M Dos-Santos). Vous serez l'interlocuteur-rice privilégié-e de ces partenaires et serez amené-e à apporter un support technique aux utilisateurs et à identifier de nouveaux besoins afin d'améliorer les services proposés. Alors que la mise à jour et le développement de nouveaux outils seront réalisés par d'autres membres de l'équipe d'accueil, vous les mettrez en place sur le plateau technique.
Vous prendrez aussi en charge l'animation de la communauté d?utilisateurs autour des outils proposés au travers du maintien d'une page d'accueil et de l'envoi périodique de newsletters. Le but de cette opération de communication sera d'élargir la base d'utilisateurs qui comprend à l'heure actuelle, en plus des équipes susmentionnées, d'autres équipes académiques aux États-Unis (JBEI, UC Berkeley) et en Europe (DTU, EPFL, Imperial College, U. Edinburgh, U. Liverpool) et des acteurs privés comme Abolis Biotechnologies, Metabolic Explorer et BASF.
Dans un second temps, en collaboration avec les membres de l'équipe d'accueil, vous ferez une demande pour la création d'une plateforme à partir du plateau technique. Cette plateforme sera insérée dans l'infrastructure européenne IBISBA et une demande sera produite pour faire labéliser les bases de données de la plateforme par l'infrastructure ELIXIR. L'insertion de la plateforme au sein des infrastructures IBISBA et ELIXIR permettra d'obtenir des financements récurrents pour la maintenance des outils proposés.
Votre recrutement permettra ainsi de solidifier une position de leadship à l'international de l'Institut MICALIS en modélisation pour la biologie de synthèse et les biotechnologies. Le plateau technique, ainsi que la future plateforme proposée, seront étroitement connectés avec les autres forces actives au sein du campus Paris-Saclay notamment son réseau d'équipements et plateformes

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'Analyste.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1

Formation recommandée :
- Master ou diplôme d'ingénieur en calcul scientifique, bioinformatique ou chemoinformatique.
Spécialité recherchée :
- Calcul intensif, génie logiciel, administration système.
Expériences souhaitées :
- Capacité à rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique.
- Effectuer une analyse de besoins.
- Préparer et animer une session de formation.
Compétence Recherchées :
- Connaissances et savoir-faire en biologie computationnelle.
- Maitrise de l'anglais oral et écrit.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : IE21-MICA-1
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2E47
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : IEE06

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