CONCOURS IE21-MATHNUMM-1

Ingénieur-e en développement d’applications pour la gestion et le traitement de données omiques

31320 CASTANET TOLOSAN

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La plate-forme bio-informatique Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr) est une équipe de l'Unité de Mathématiques et Informatique de l'INRAE de Toulouse (MIA-T). En région, la plateforme est un membre actif du GIS Genotoul depuis le début des années 2000. A ce titre, elle contribue à développer les ressources nécessaires aux avancées des programmes scientifiques et accompagne les plateformes de production de données sur l'hébergement de leurs systèmes d'information. Elle contribue à l'animation scientifique en région (ex : co-organisation avec la plateforme de biostatistique d'un séminaire annuel par an qui rassemble plus de 100 personnes sur une journée). Au plan national, elle est partenaire de l'infrastructure nationale « Institut Français de Bioinformatique » (IFB).
L'équipe est composée de 9 personnes représentant 6,4 ETP et a pour mission d'accompagner les programmes scientifiques de biologie sur leurs besoins en bioinformatique. Elle est équipée d'une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante pour la bio-informatique (cluster de 3000 coeurs de calcul, espace de stockage de 4 Po). Fin 2019, elle héberge près de 900 comptes utilisateurs, maintient plus de 600 logiciels du domaine, et met à jour régulièrement plus de 300 banques de données. Elle accompagne la formation des scientifiques et étudiants aux traitement de données (cycles d'apprentissage, formation universitaire, encadrement) et contribue aux projets de recherche par la réalisation de traitements à grande échelle (~20 projets/an). Enfin, pour industrialiser certains traitements (RNAseq, RNAseq de novo, annotation automatique de génomes?), accompagner la mise en oeuvre de nouvelles technologies dans le cadre de projets innovants (projet SeqOccIn, en cours, sur les données de séquençage de type « long reads ») et répondre à des questions spécifiques nécessitant des développements originaux, elle développe des chaînes de traitement et des logiciels open source qu'elle publie dans des journaux spécialisés. Son portefeuille logiciel comprend une douzaine d'applications d'interrogation de bases de données, et votre mission principale sera de contribuer au développement, à l'évolution et à la maintenance d'applicatifs correspondant aux besoins de la communauté et aux thématiques de l'équipe (assemblage et annotation de génomes, RNAseq et sRNAseq, analyse de variants, métagénomique,...), d'en assurer la mise à disposition et la diffusion large dans la communauté (formation continue, encadrement). Vous apporterez aussi votre soutien aux administrateurs systèmes pour l'automatisation de certaines tâches. Dans vos activités, vous pourrez vous appuyer sur ses collègues de la PF, sur les réseaux métiers locaux ou nationaux (PF SIGENAE, pôle IMABS, CATI Bios4Biol, PEPI IBIS, IR Bioinfomics, infrastructure nationale IFB,...). Vous interagirez aussi de manière privilégiée avec la PF de séquençage GeT pour accompagner les évolutions nécessaires à l'environnement de mise à disposition des données produites par cette PF. Vous collaborerez avec, outre vos collègues de la PF bioinformatique et des réseaux métiers, les biologistes pour lesquels vous pourrez être amené(e) à prendre en charge certaines analyses
Vous contribuerez au CATI BIOS4Biol.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'Analyste.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1

Maîtrise d'au moins un langage de programmation et du système Unix.
Bonne culture générale en biologie, une première expérience en analyses de données NGS est vivement souhaitable.
Curiosité et aptitude à la veille technologique dans le domaine de compétence.
Capacité à présenter les résultats de son travail en réunion de groupe et séminaires externes.
Goût du travail en équipe.
Capacité d'intégration dans les différents réseaux métiers locaux (informaticiens et bio informaticiens du centre de Toulouse Auzeville, pôle IMAP) et nationaux (CATI Bios4Biol, PEPI IBIS.).
Autonomie et organisation dans le travail, bonne gestion du temps.
Capacité à interagir avec des équipes de biologistes dans le cadre de collaborations.
Capacité à travailler sur plusieurs projets.
Rigueur et conscience professionnelle.
Goût pour la formation (encadrement d'étudiants, dispense de formations).
Maîtrise de l'anglais oral et écrit.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : IE21-MATHNUMM-1
  • Corps : IE
  • Catégorie : A
  • Emploi-type : E2C45
    Référentiel des emplois types
  • Numéro du concours : IEE02

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