Chargé-e de recherche en programmation nutritionnelle du métabolisme du microbiote

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’Unité mixte de recherches Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage (GenPhySE), située à Toulouse, mène des recherches sur les mécanismes d’élaboration des caractères impliqués dans la robustesse des animaux et leur amélioration par la sélection génétique, la nutrition et les innovations dans les pratiques d’élevage, dans une perspective de durabilité des systèmes de production.
Au sein de cette unité, vous rejoindrez l’équipe Nutrition et Ecosystèmes Digestifs, composée d’une vingtaine d’agents, dont 10 chercheurs et enseignants-chercheurs, qui étudient l’assemblage et le fonctionnement de l’holobionte (supra-organisme formé par le microbiote digestif et son hôte animal), en relation avec la santé des jeunes animaux. Votre objectif sera de mieux comprendre comment les substrats alimentaires disponibles au début de la vie (lait, premiers aliments solides) façonnent l’activité métabolique du microbiote. Vous rechercherez les gènes et les bactéries responsables de la production de métabolites favorables à la santé de l’hôte. La finalité sera à terme d’optimiser la disponibilité de ces métabolites pendant l’allaitement et lors de la transition alimentaire du sevrage.
Dans un premier temps, vous vous intéresserez plus particulièrement à l’identification de gènes microbiens impliqués dans l’utilisation des substrats nutritionnels disponibles au début de la vie en utilisant des outils existants d’annotation et de prédiction des voies métaboliques appliqués à des données métagénomiques et métaboliques. Vous complèterez ces approches par la culture in vitro des bactéries candidates, c’est-à-dire exprimant les gènes d’intérêt, afin d'identifier les métabolites produits. A plus long terme, vous explorerez plus avant la physiologie et le métabolisme de ces espèces clés du microbiote intestinal, afin de définir des stratégies de programmation nutritionnelle favorables à leur développement au sein du microbiote intestinal et in fine, favorables à la santé de l’animal hôte.

Formations et compétences recherchées

Niveau doctorat ou équivalent.
Le projet nécessite des compétences en génomique bactérienne et génomique fonctionnelle, ainsi qu’en cultures bactériennes en condition anaérobie. Des compétences en bioinformatique pour l’analyse de séquences métagénomiques seraient souhaitables. Une activité d’expérimentation animale est requise pour la conduite des travaux. Des connaissances en biostatistiques seront appréciées mais pourront être acquises au sein de l’équipe.

La maîtrise de l'anglais à l'écrit et à l'oral est fortement souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE