Chargé-e de recherche en génomique comparative microbienne

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’unité MaIAGE regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des bioinformaticiens et des biologistes autour des questions de biologie et d’agro-écologie, allant de l’échelle moléculaire à celle du paysage en passant par l’étude de l’individu, de la population ou des écosystèmes. C’est une unité INRAE qui dépend de deux départements INRAE : MathNum (Mathématiques et numérique) et MICA (Microbiologie et chaîne alimentaire). Ses activités de recherche visent, d’une part, à développer des méthodes mathématiques et informatiques et, d’autre part, à la mise en œuvre de telles méthodes dans des projets stratégiques pour INRAE, souvent en partenariat avec des équipes de biologie expérimentale.

Vous serez affecté.e à StatInfOmics, l’une des quatre équipes de recherche de l’unité avec une activité centrée sur l’exploitation des données omiques. Vous vous impliquerez dans des projets interdisciplinaires mettant en œuvre des approches innovantes à l’interface bioinformatique et microbiologie et répondant aux grands objectifs scientifiques du département MICA. Vous aurez l'opportunité de répondre à des appels à projets compétitifs (ex. DIM, ANR, EU sur les thématiques One Health et antibioresistance) en bénéficiant du réseau de collaborations de l’unité pour établir des partenariats au sein d’INRAE. Par votre activité, vous participerez à l’élaboration et à la diffusion d’un savoir-faire innovant en bioinformatique et sciences du numérique qui bénéficiera à l’ensemble des unités du département MICA.

Les évolutions récentes des technologies de séquençage à haut-débit permettent de disposer de jeux de données de très grande taille et de qualité toujours meilleure qui permettent d’adresser de nouvelles questions de recherche générales et finalisées en lien avec l’architecture et les dynamiques évolutives des répertoires de gènes dans le monde bactérien. Vous vous approprierez ces questions de recherche émergentes à l’interface entre la bioinformatique et la génomique microbienne pour (i) concevoir des approches innovantes de construction, d’analyse, et de représentation des pan-génomes bactériens (ii) valoriser ces développements méthodologiques par des analyses de jeux de données (meta)génomiques axées sur des taxons bactériens d’intérêt. Les approches développées permettront le montage de projets interdisciplinaires stratégiques pour le département MICA et INRAE et la dissémination vers les autres unités du département afin d’aborder des questions finalisées. Il pourra s’agir d’identifier et comprendre l’évolution des déterminants génomiques de la pathogénicité d’une bactérie opportuniste, du potentiel fermentaire ou aromatique de bactéries d’intérêt alimentaire, ou encore de l’antibiorésistance dans un écosystème ou un taxon bactérien.

Formations et compétences recherchées

Une formation de type Doctorat en bioinformatique, biologie computationelle ou génomique/génomique comparative est souhaitée. Les compétences recherchées sont celles d’un.e chercheur.e en bioinformatique ayant une expertise en génomique comparative : traitement de données NGS, algorithmique (notamment liée aux graphes), méthodes de phylogénomique, concepts de génomique des populations, étude de corrélation (GWAS, co-évolution). La maîtrise d’au moins un langage de programmation (par ex : Python ou R) et des approches statistiques de base est attendue.

La maitrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu seront fortement incités à réaliser un séjour à l'étranger co-construit avec l’équipe d’accueil dans les 3 années suivant l’année de stage.

Découvrez votre futur job en vidéo

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE