CONCOURS CR-2022-GA-3

Chargé-e de recherche en génomique cellulaire et organisation fonctionnelle des génomes animaux

31326 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’Unité Mixte de Recherche Génétique, Physiologie et Systèmes d’Élevage (GenPhySE), qui compte un effectif permanent de 150 agents. L’unité réunit des compétences en biologie, physiologie, génomique, génétique, statistiques et bioinformatique. Les recherches développées visent à contribuer à la transition agroécologique des systèmes d’élevage par une meilleure compréhension de la biologie des animaux domestiques et en particulier du déterminisme génétique des caractères. Un des défis est d’identifier les polymorphismes génétiques associés aux caractères, afin de comprendre leurs effets sur l’expression et le fonctionnement des génomes et d’utiliser cette information pour améliorer les programmes de sélection génétique.

Au sein de GenPhySE, vous rejoindrez l’équipe Cytogene, composée de 12 personnes dont 5 chercheurs, ayant des compétences en cytogénétique, biologie moléculaire et bioinformatique. L’équipe travaille sur différentes espèces d’élevage (porc, ruminants) et sur l’abeille domestique, et s’intéresse en particulier à l'organisation structurelle des génomes et son impact sur leur fonction et la régulation de leur expression. L’équipe comprend également une plateforme de contrôle chromosomique qui vise à identifier des anomalies en ségrégation dans les populations d’élevage susceptibles d’impacter les performances de reproduction des individus porteurs.

Vous développerez un projet de recherche ambitieux qui vise à mieux comprendre l’impact des variations de structure d’un génome sur son fonctionnement via des modifications de son organisation 3D. Les variations de structure contribuent de manière significative à la variabilité génétique et phénotypique entre individus, ce qui motive les travaux actuels visant à établir le pangénome de populations et de races. Ces variations sont en effet susceptibles d'altérer de façon naturelle l'organisation 3D du génome et offrent donc la possibilité d’étudier le rôle de cette organisation sur le fonctionnement du génome. Il s’agira dans un premier temps d’identifier des variants de structure susceptibles de modifier l'organisation 3D du génome. Pour cela, vous utiliserez des méthodes d'analyse de la conformation de la chromatine (HiC, capture HiC) sur des animaux pour lesquels des variations de structure auront été préalablement identifiées. Vous profiterez également de la forte proximité évolutive des espèces étudiées dans l’unité (ruminants) pour caractériser l’impact sur l’organisation 3D de variations de structure fixées au cours de l’évolution. Vous bénéficierez de données déjà produites par l’équipe et par des collaborateurs : premières cartes HiC chez les bovins, ovins et caprins, variants de structure identifiés dans les populations animales, variants connus pour être associés à des phénotypes particuliers et suspectés de modifier l'organisation 3D du génome. Dans un second temps, vous étudierez les conséquences de ces modifications de l'organisation 3D par la mise en œuvre d’approches de génomique fonctionnelle (expression et autres -omiques) en complément de méthodes d'imagerie maîtrisées par l’équipe.

Vos travaux contribueront à une meilleure compréhension du rôle de l'organisation 3D du génome sur son fonctionnement et de l'impact des variants de structure sur cette organisation. Ils permettront ainsi de mieux comprendre l’impact de la variabilité de structure génomique sur l'élaboration des phénotypes. Ces connaissances viendront alimenter les recherches sur la gestion de la diversité animale pour des systèmes diversifiés et durables.

Vous bénéficierez sur le centre INRAE de Toulouse d’un environnement propice à une forte interdisciplinarité (compétences en mathématiques et informatique, en génomique des plantes) et d’infrastructures de recherche performantes (plateforme de séquençage GeT-PlaGE, plateforme de bioinformatique Genotoul). Vous serez amené.e à développer vos propres collaborations et à construire votre réseau au sein d’une communauté nationale et internationale riche et dynamique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Titulaire d’un doctorat ou équivalence en biologie moléculaire, vous avez des compétences pour l’analyse fonctionnelle des génomes avec une expérience souhaitée dans l’étude des conformations de la chromatine.
Une maîtrise des analyses de données de séquençage à haut débit sera un atout. Vous avez un intérêt pour la combinaison d’approches de cytogénétique et de génomique fonctionnelle, un goût pour l’analyse de données et les collaborations interdisciplinaires.
La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2022-GA-3
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 13
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