CONCOURS CR-2021-SPE-5

Chargé-e de recherche en modélisation des épidémies virales

34000 MONTPELLIER

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La nouvelle unité mixte de recherche PHIM (Plant Health Institute of Montpellier) étudie les différentes dimensions de la santé des plantes : écologie et diversité des agents pathogènes, mécanismes d’interactions entre les plantes et leur environnement biotique et abiotique.
Les recherches de l’équipe d’accueil (CAMEPI – Caractérisation et Modélisation des Epidémies) couvrent une large gamme de questions centrées sur l’épidémiologie virale, étudiées par des expérimentations au laboratoire, des observations au champ et le développement de modèles. La transition agro-écologique promue et accompagnée par INRAE va accroître la proximité entre des populations diverses de plantes hôtes et d'agents pathogènes. Or, les interactions entre différentes espèces, souches, voire segments viraux soulèvent des questions à la frontière entre épidémiologie et évolution, notamment sur la virulence et la valeur sélective des différents agents dans un hôte, lors de la transmission et dans des paysages. La compréhension de ces dynamiques et la calibration de modèles performants visant à guider les stratégies de gestion des épidémies sont des enjeux majeurs.
Vous vous appuierez sur la modélisation afin d'estimer les paramètres épidémiques associés aux couples hôtes-virus et virus-virus, prédire le développement des épidémies, identifier et optimiser in silico des stratégies de gestion adaptées à l'hétérogénéité des épidémies causées par la co-circulation de différents agents viraux sur différentes espèces hôtes. Vos travaux porteront initialement sur l’impact de la présence de deux principales souches du Plum pox virus, responsable des épidémies de sharka, dans un paysage comprenant plusieurs espèces hôtes (pêchers et abricotiers), puis s'élargiront aux autres données biologiques disponibles pour d'autres pathosystèmes viraux étudiés dans l’unité d’accueil. Vous complèterez ainsi le dispositif scientifique de l’unité PHIM en épidémiologie prédictive.

Travail prolongé sur ordinateur

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat ou équivalent.
Idéalement, vous serez spécialisé en épidémiologie, écologie ou évolution des agents pathogènes, avec de solides compétences en modélisation, simulation et statistiques. La maitrise d’au moins un langage de programmation est nécessaire, et une bonne connaissance des approches d’inférence de paramètres serait un plus.
La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée ; les candidats qui n’en auraient pas encore eue devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2021-SPE-5
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 8

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