CONCOURS CR-2021-GA-1

Chargé-e de recherche en modélisation de données génomiques pour l'étude de la dynamique adaptative des populations

31320 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’Unité Mixte de Recherche Génétique, Physiologie et Systèmes d’Élevage (GenPhySE), composée de 150 agents permanents. L’unité regroupe des compétences en biologie, physiologie, génomique, génétique, statistiques et bioinformatique. Les recherches développées dans l’unité ont pour objectif de mieux comprendre la biologie des animaux domestiques et notamment, le déterminisme génétique des caractères, pour contribuer à la transition agroécologique des systèmes d’élevage. Un des enjeux est d’identifier les polymorphismes génétiques associés aux caractères, de comprendre leurs effets sur l’expression et le fonctionnement des génomes et d’utiliser cette information pour améliorer les schémas d’amélioration génétique.
Vous rejoindrez l’équipe Dynamique Évolutive des Génomes (Dynagen), composée de 5 scientifiques ayant des compétences en génétique des populations, génétique quantitative, statistique et bioinformatique. L’équipe participe à de nombreux projets et réseaux nationaux et internationaux. Dotée de compétences reconnues en analyse intégrative des données génomiques à haut débit, elle développe des travaux de pointe sur l’annotation fonctionnelle des génomes des espèces animales d’élevage, leur fonctionnement, leur diversité structurelle et leur évolution. Elle développe notamment des approches originales sur la détection de traces de sélection et l'étude de l'histoire démographique des populations.
Vous conduirez un projet de recherche ambitieux pour identifier et comprendre l’impact des différentes pressions évolutives sur l’évolution des génomes des espèces animales étudiées dans le département Génétique Animale (ruminants, porc, volailles, …). Il s’agira, à partir des données massives de séquence, de caractériser la structure et l’histoire évolutive des polymorphismes adaptatifs et en particulier de reconstruire la dynamique temporelle de leur évolution. En mobilisant des analyses intégratives, vous exploiterez les données produites par les membres de l’équipe ou leurs collaborateurs de la communauté internationale pour rechercher les liens entre les effets adaptatifs des polymorphismes, leurs effets sur les caractères d’intérêt et leur statut en terme d’annotation fonctionnelle. Vous conduirez votre projet de recherche en exploitant les méthodes de la littérature et en développant de nouveaux concepts, méthodes et outils d’analyse. En particulier, vous évaluerez l’apport des approches issues de l’intelligence artificielle dans ce domaine. Vous participerez activement à l’analyse de données sur différentes espèces animales en collaboration avec les membres de l’équipe, du département et leurs partenaires.
Vous serez amené à développer vos propres collaborations et à construire votre réseau au sein d’une communauté nationale et internationale riche et dynamique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat ou équivalent.
Titulaire d’un doctorat en génétique ou en statistiques, vous avez une expérience de recherche dans le développement de modèles et méthodes statistiques pour l’analyse de données de grande dimension. Vous avez un intérêt pour l’évolution et la génétique des populations, un goût pour l’analyse de données et les collaborations interdisciplinaires.
La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2021-GA-1
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 13

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