CONCOURS CR-2021-ECODIV-2

Chargé-e de recherche en écologie des interactions microbiennes dans les communautés de petits mammifères sauvages

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous développerez vos recherches au Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP). Cette unité mixte de recherche a pour projet scientifique de caractériser les patrons de biodiversité à de multiples échelles (des réseaux de gènes aux communautés d’espèces) et d’en analyser les déterminants écologiques et évolutifs. Vous intégrerez l’axe « Écologie et Évolution des Zoonoses », qui s’intéresse aux maladies infectieuses ayant pour vecteur ou réservoir des animaux de la faune sauvage, en particulier les petits mammifères. Nous développons des approches d’écologie des communautés, d’épidémiologie moléculaire, de génomique des populations, de génomique de l’adaptation, et d’éco-immunologie, pour mieux comprendre les mécanismes éco-évolutifs qui conduisent à l’émergence des zoonoses dans les populations humaines. Ces recherches visent aussi à identifier et caractériser les écosystèmes propices aux phénomènes d’émergence, à développer des modèles prédictifs et des analyses de risque, fournissant ainsi des outils d’aide à la décision en matière de politique de santé publique.
Les agents pathogènes interagissent et évoluent au sein de communautés microbiennes diversifiées, commensales et pathogéniques, dans des populations et des communautés hôtes mais également à l’échelle intra-hôte. Ces interactions peuvent exercer une forte influence sur la distribution et la sévérité des maladies, ainsi que sur les dynamiques épidémiologique et évolutive des agents infectieux. Il est donc primordial de prendre en compte ces interactions pour analyser les risques d'émergence de zoonoses. Dans ce contexte, vos recherches viseront à analyser l’influence des interactions biotiques (parasites / parasites ; microbiome / parasites) sur la circulation des pathogènes au sein des populations naturelles de micromammifères. Elles seront menées dans le contexte de zoonoses liées à la faune sauvage, et potentiellement couplées à des problématiques de biologie de l’invasion et de la conservation. Vous apporterez ainsi les connaissances nécessaires à une meilleure compréhension des relations entre biodiversité et santé.
Vous rechercherez en particulier des indicateurs utiles pour établir des stratégies de prévention ou de gestion des zoonoses, dans une démarche « EcoHealth ». Vos activités seront centrées sur l'écologie des interactions microbiennes. Vous aurez en charge la description et l’analyse des communautés microbiennes dans les populations naturelles de micromammifères. Vous vous appuierez sur des activités d’échantillonnage (avec le soutien d’un technicien de recherche) et l’application de méthodes moléculaires et bioinformatiques (avec le soutien d’un ingénieur de recherche) pour identifier, voire quantifier les agents microbiens dans différents prélèvements biologiques. Vous développerez des approches de modélisation à l’interface entre écologie des communautés et épidémiologie pour analyser la structure de ces communautés microbiennes, en particulier via des analyses de réseaux, et identifier les facteurs/mécanismes qui façonnent ces réseaux à différentes échelles spatio-temporelles.
A moyen terme, vos recherches s’inscriront dans une démarche d’écologie prédictive, visant à apporter des éléments de recommandation en termes de gestion des agents infectieux dans la faune sauvage. Vous développerez des modèles visant à tester la stabilité / résilience de ces communautés et de leurs interactions face à différentes perturbations, telles que les changements de biodiversité d’une communauté de micromammifères ou des changements abiotiques (par ex. : changements de paysage, pollutions). Vos recherches pourront également permettre d’identifier les espèces de micromammifères les plus susceptibles de constituer les réservoirs de futures zoonoses émergentes et qui doivent donc être l’objet d’une surveillance particulière.

Une partie des analyses de biologie moléculaire se dérouleront dans un laboratoire de niveau de confinement L2.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat ou équivalent.
Une spécialisation en écologie des communautés microbiennes est souhaitée, avec un fort intérêt pour les mathématiques appliquées. Des compétences de modélisation en écologie des communautés microbiennes et épidémiologie, analyses de réseaux, ainsi qu’une expérience dans l’analyse de données issues de la métagénomique sont recherchées.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée. Les lauréats qui n’auraient pas encore eu d’expérience postdoctorale devront réaliser un séjour, de préférence à l’étranger, à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2021-ECODIV-2
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 16

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