CONCOURS CR-2021-BAP-3

Chargé-e de recherche en génétique quantitative appliquée à la sélection génomique chez les agrumes

20230 SAN GIULIANO

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’équipe Seapag, de l’Unité Mixte de Recherche (UMR) AGAP développe un projet scientifique de génétique et d'innovation variétale chez les agrumes. Elle est fortement impliquée dans le développement de la génomique et de la phylogénomie des agrumes afin de décrypter les structures phylogénomiques complexes des formes cultivées et leur lien avec la variabilité phénotypique, et l’analyse des bases physiologiques, génétiques et génomiques de caractères d’intérêt chez les agrumes. La qualité des fruits ainsi que l’adaptation des porte-greffes est au cœur du projet d'amélioration des agrumes conduit par le collectif de l'unité et les partenaires de la filière. Ainsi, un projet Feder pluri-disciplinaire « InnovAgrumes » propose à la filière Agrumicole Corse une gamme nouvelle de variétés d’Agrumes à petits fruits, dans une démarche de co?construction avec les partenaires socio?économiques et académiques (Univ de Corse notamment).
Un travail sur la modulation du phénotype du greffon par le porte-greffe permettant de compenser l’impact du changement climatique est également engagé. En appui à ces projets d’innovation, il convient de développer des analyses QTL et des modèles de sélection génomique sur la qualité des petits agrumes et sa modulation par le porte-greffe. En effet, aujourd'hui les supports génétiques de la variabilité des caractères pomologiques et organoleptiques (teneurs en jus, sucres, acides organiques, caroténoïdes et polyphénols), et d’adaptation sont peu connus.
Vous serez plus particulièrement positionné-e à l’interface entre les études génomiques et la génétique quantitative. Dans un premier temps, vous exploiterez les données massives du projet France-Génomique DynaMo, notamment de reséquençage complet sur une collection de diversité et de GBS sur les diverses populations recombinantes diploïdes et triploïdes, en phase d’évaluation au champ sur la station de San Giuliano. Elles vous permettront de développer des études d’association et de mettre en place un projet de sélection génomique visant à accélérer la sélection variétale. L'exploitation de ces données massives pour des études d'association avec la variabilité phénotypique dans une perspective de sélection génomique est un enjeu majeur pour l'équipe pour une valorisation scientifique ambitieuse de la grande diversité génétique gérée et caractérisée dans le CRB Citrus et dans les multiples populations en ségrégation. Des interactions fortes et régulières seront tissées avec les autres chercheurs en génétique/génomique et physiologie des agrumes en poste à Montpellier et aux Antilles. Au-delà des questions de recherche sur les agrumes, vous serez appelé-e à contribuer au groupe de travail de l'unité AGAP sur la génétique quantitative et la selection, dont la sélection génomique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat ou équivalent.
Vous devrez avoir des compétences en génétique quantitative, fonctionnement des génomes et bio-statistiques ou bio-informatique avec une spécialisation en génétique. De bonnes connaissances, en statistiques, notamment en statistiques bayésiennes avec des concepts de programmation, du logiciel R et en modélisation sont demandées. Une expérience dans l’analyse de données génomiques et/ou des études d’associations phénotypes-génotypes serait fortement appréciée.
La maitrise de l’anglais est recommandée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eue devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2021-BAP-3
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 13

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