CONCOURS CR-2021-BAP-2

Chargé-e de recherche en génétique et génomique végétale

84143 AVIGNON

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Les travaux de l’Unité de Recherche « Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes » (GAFL), visent à valoriser la diversité génétique, levier essentiel pour répondre au défi de la transtion agroécologique de l'horticulture. Vous intégrerez l'équipe DADI (Diversité, Adaptation, Déterminants et Intégration) qui comprend 4 chercheurs et 5 ingénieurs.
Le recrutement vise à étendre les compétences de l'unité sur l'intégration de données omic multi-échelle (métabolome, transcriptome, génome, voire epigénome et protéome) en vue de l'identification de gènes d'intérêt pour une production de tomate de qualité adaptée aux faibles intrants. L'intégration de la diversité génétique, métabolomique et transcriptomique dans les modèles prédictifs (prédiction génomique ou modèles écophysiologiques) est essentielle pour la définition d'idéotypes adaptés aux conditions de culture sous stress abiotique ou en condition de bas intrants répondant aux attentes de l'agroécologie.
Vous bénéficierez des résultats acquis récemment dans l’équipe sur les populations (panels d’association, populations multi-parentales) caractérisées dans plusieurs conditions de stress, pour un ensemble de traits agronomiques, métabolomiques et transcriptomiques (pour une partie des conditions). Vous développerez des approches statistiques permettant l’intégration de ces données et leur valorisation et contribuera à leur enrichissement par des jeux de données pertinents (protéome, épigénome …).
Vous explorerez les liens entre données métabolomiques, transcriptomiques et polymorphismes génomiques pour identifier des gènes/réseaux dont la variation pourrait expliquer celle de métabolites impliqués dans la qualité des fruits ou dans la réponse à un stress. A terme, vous pourrez valider ces relations en modifiant spécifiquement le/les gènes d’intérêt.
En lien avec les écophysiologistes de l’Unité de Recherche Plantes et Systèmes en Horticulture, vous testerez les modèles de développement du fruit et de croissance de la plante en fonction de l’environnement, développés sur quelques variétés et identifiera les paramètres génétiquement variables les plus pertinents pour prédire les réponses aux variations environnementales. Vous pourrez comparer ces approches à celles développées dans les modèles de prédiction génomique intégrant l’information du génome entier. Vous testerez l’apport des données de transcriptome dans ces approches.
Vous intéragirez également avec l'équipe de bioinformatique du GAFL. Vous serez accompagné-e par l'équipe technique pour les aspects de suivi des plantes, phénotypage, caractérisation du métabolome, biologie moléculaire et cellulaire et interagirez avec l'unité expérimentale UE PECHAE pour la conduite des expérimentations. Vous benéficierez des larges collections de ressources génétiques maintenues dans l’Unité par le Centre de Ressources Biologiques.
Vous disposerez des moyens expérimentaux du GAFL pour les cultures en conditions contrôlées et de la plateforme de biologie moléculaire et biologie cellulaire pour les analyses de transcriptome et d'édition du génome. Une part de production de données sera réalisée sur les plateformes nationales de génomique et métabolomique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat ou équivalent.
Vous devrez avoir de bonnes bases en génétique quantitative et modélisation statistique. Vous devrez maitriser les outils de base de la bioanalyse et pouvoir travailler avec de grands jeux de données.
Vous devrez être à même d’intéragir avec des (éco)physiologistes mais pourrez acquérir les compétences nécessaires à travers des formations. Des connaissances en horticulture et agronomie seraient un plus mais pourront être acquises localement.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CR-2021-BAP-2
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 14

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