CONCOURS CRCN20-ECOFA-1

Chargé-e de recherche en prédiction génomique intégrative de phénotypes complexes chez le peuplier à des fins de sélection

45160 ARDON

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’Unité Mixte de recherche BIOFORA porte un projet scientifique collectif de valorisation des ressources génétiques forestières pour la production durable de bois d’œuvre et de biomasse dans un contexte environnemental changeant. Espèce modèle pour l’unité, le peuplier y est le support de recherches sur les déterminants génétiques et moléculaires de la formation du bois, sur le phénome bois dans ses dimensions adaptatives et structurelles et sur la diversité génétique en populations naturelles ou de sélection pour plusieurs caractères d’intérêt. Dans cette unité, vous développerez vos recherches à l’interface entre physiologistes (génomique fonctionnelle) et généticiens (génétique quantitative) avec pour ambition d’intégrer les informations obtenues en biologie des systèmes dans des modèles de prédiction génomique prenant mieux en compte les interactions entre gènes ou entre gènes et environnement.
Vous mettrez en place une approche de biologie de systèmes pour la compréhension de l’architecture des interactions moléculaires et génétiques agissant sur l’expression du phénome des individus. Cet ensemble de phénotypes sera regardé dans un contexte populationnel avec gestion de l’apparentement. Vous développerez des modèles, à la fois explicatifs et prédictifs de valeurs phénotypiques et génétiques en vous appuyant sur l’intégration des données acquises à haut-débit et à multiples échelles (génome, transcriptome, dégradome, protéome, interactome, métabolome, cellule, tissu, individu, population). L’objectif des modélisations sera d’inférer des réseaux des gènes, et in fine de cartographier les interactions géniques et moléculaires sous-jacentes à la variation du phénotype, afin d’aider le physiologiste dans sa quête de variants fonctionnels, et le généticien dans le développement d’une sélection génomique performante.
Vous aurez à votre disposition un nombre très important de données « omiques » et phénotypiques, obtenues sur des populations naturelles de Populus nigra, des pedigrees et sur des peupliers transgéniques modifiés pour l'expression de gènes impliqués dans la formation du bois. Ces ressources permettront de se consacrer prioritairement au développement de modèles et à leur validation en collaboration avec les collègues physiologistes et généticiens. Des données de polymorphisme ADN nécessaires à l'identification des bouquets d'allèles favorables sont également disponibles. Au-delà du phénome bois, d’autres phénotypes complexes étudiés à l’unité, notamment des résistances à des contraintes biotiques et abiotiques, pourraient permettre au chercheur d’élargir ses recherches sur un tissu de compétences déjà existant.
Vous travaillerez dans un environnement de recherche bénéficiant de l'aide d’un ingénieur bio-informaticien, et de compétences en modélisation, physiologie et génétique quantitative. Vous aurez accès à des clusters de calcul locaux, et profiterez de l’ancrage fort de l’unité d’accueil dans plusieurs réseaux d’infrastructures et d’animation autour du numérique en biologie.

Goût pour le travail sur le terrain (forêt) pour piloter et contribuer ponctuellement à la collecte de données phénotypiques .

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Vous avez idéalement une spécialité en génétique quantitative avec des connaissances approfondies en génomique fonctionnelle. Toute expérience en modélisation statistique et bio-informatique sera aussi appréciée.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée, ainsi qu’une expérience de recherche internationale de longue durée

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formationconseil en orientation professionnelle ;
d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Référence de l'offre

  • N° profil : CRCN20-ECOFA-1
  • Corps : CRCN
  • Catégorie : A
  • Numéro du concours : 10

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